The S5 S-Bahn currently runs the following route:
Holzkirchen - Otterfing - Sauerlach - Deisenhofen - Furth (bei Deisenhofen) - Taufkirchen - Unterhaching - Fasanenpark - Fasangarten - Giesing - St.Martin-Straße - Ostbahnhof - Rosenheimer Platz - Isartor - Marienplatz - Karlsplatz - Hauptbahnhof - Hackerbrücke - Donnersbergerbrücke - Laim - Pasing - Westkreuz - Neuaubing - Harthaus - Germering-Unterpfaffenhofen - Geisenbrunn - Gilching-Argelsried - Neugilching - Weßling (Oberbayern) - Steinebach - Seefeld-Hechendorf - Herrsching (am Ammersee)